论文查重系统主要是通过比对文本内容来判断有没有重复，如果你只是把参考文献的序号标错了，比如正文里引用的是[1]，但参考文献列表里写的是[2]，这种序号不对应的情况，查重系统一般不会直接标红，因为它主要是看文字内容是不是跟别人的一样，而不是检查你引用格式对不对。不过，这并不代表序号标错就没问题，因为学校在审核论文的时候，老师可能会手动检查参考文献的格式，如果发现序号对不上，还是会扣分或者要求修改的。

有些同学可能会觉得，反正论文查重系统不检查参考文献格式，那我就随便标一下，这种想法其实不太对。虽然查重系统不会因为序号标错就把你标红，但如果你的参考文献格式乱七八糟，比如有的用方括号，有的用圆括号，有的序号根本对不上，这样整篇论文看起来就不专业，老师看了也会觉得你态度不认真。而且，有些学校在提交论文之前会先让导师审核格式，如果参考文献序号标错了，导师可能会让你返工修改，这样反而耽误时间。

如果你在正文里引用了别人的观点，但是没有标参考文献序号，或者标错了，导致查重系统认为这部分内容是你原创的，但实际上你是引用的，这样可能会被算作抄袭。比如你写了一句话跟某篇文献里的差不多，但你没标引用，查重系统就会标红，认为你是抄袭。所以，参考文献序号标错虽然不会直接导致查重标红，但可能会间接影响查重结果，尤其是当你引用的内容没标对的时候。

为了避免这种情况，最好的办法是在写论文的时候就认真核对参考文献的序号，确保正文里的引用和参考文献列表里的序号是一一对应的。可以在写完论文之后，专门花点时间检查一遍参考文献格式，看看有没有标错或者漏标的情况。有些同学可能会用文献管理软件，比如EndNote或者Zotero，这些工具可以自动生成参考文献序号，减少手动标错的概率。不过就算用了软件，最后还是要自己检查一遍，因为软件有时候也会出错，比如文献信息没填对，或者格式设置有问题。