毕业论文查重时候大家都想省点事，觉得反正正文才是重点，其他部分随便糊弄一下也没关系。但实际上，大部分学校或者期刊在要求论文查重的时候，通常不会让你只查正文部分，而是要求把整篇论文都提交进去查重，包括摘要、目录、参考文献、致谢、附录这些部分，虽然有些部分可能不会计入重复率，但系统还是会扫描一遍，确保整体内容没有抄袭或者不当引用的情况。

虽然整篇论文都要提交查重，但查重系统在计算重复率的时候，一般会自动排除一些固定格式的内容，比如目录、参考文献、致谢这些，因为这些部分要么是格式化的内容，要么是个人化的表达，不太可能跟别人的论文重复，所以系统会自动跳过，不会影响最终的重复率计算。但是，正文部分肯定是重点检查的对象，因为这部分才是你研究的核心内容，如果重复率太高，就说明你的原创性不够，可能会被要求修改甚至直接打回来重写。

有些同学可能会想，那能不能自己手动把非正文部分删掉，只提交正文去查重，这样是不是就能避免一些不必要的麻烦。其实这种做法风险挺大的，因为很多学校或者期刊在提交查重的时候，会要求上传完整的论文文件，如果你自己删掉一部分内容，可能会被认定为故意规避查重，一旦被发现，后果可能比重复率高还要严重，甚至可能被认定为学术不端行为，影响毕业或者发表。

最好的做法还是按照学校或者期刊的要求，把整篇论文都提交查重，虽然系统会扫描所有部分，但重复率的计算主要还是看正文部分，其他部分只要不是抄袭的，一般不会影响结果。而且，现在很多查重系统都比较智能，能够自动识别哪些部分需要计算重复率，哪些部分可以忽略，所以你也不用太担心非正文部分会影响整体的查重结果。