论文查重系统对参考文献的处理逻辑比较特别，期刊名称通常不会被计入重复率，但具体情况要看系统的识别能力和设置规则。

主流查重软件比如知网、万方、维普，都内置了参考文献识别模块。它们会扫描文档末尾的引用列表，尝试匹配标准的参考文献格式。一旦识别成功，这部分内容会被整体排除在比对范围之外。期刊名称作为参考文献的固定组成部分，自然也跟着被过滤掉了。系统比对的重点是正文部分的论述文字，不是引用来源的标注信息。

不过这种排除不是百分之百可靠。参考文献格式如果不规范，识别模块可能失效。比如有的学生手动打引用，没有用Word的尾注功能，或者混用了多种引用格式，系统就分不清哪里是正文、哪里是参考文献。这种情况下，期刊名称连带整个引用条目都可能被当成普通文本参与比对。特别是那些常见期刊比如《经济研究》《管理世界》，名称本身很短，如果出现在正文里被标红，其实是误判，需要人工申诉。

还有一种情况是尾注格式的技术细节。知网系统识别参考文献依赖特定的段落样式标记，如果学生直接从网页复制引用信息，格式代码可能丢失，系统就识别不出来。这时候哪怕你明明列出了参考文献，查重报告里还是会显示大片红色。解决办法是检查学校提供的论文模板，确保参考文献部分应用了正确的样式，而不是单纯看视觉排版对不对。

交叉引用也可能带来困扰。有些同学在正文里提到"正如《心理学报》的一项研究指出"，这种行内引用如果跟参考文献列表里的期刊名称重复，系统可能判定为重复。严格来说这不算误判，因为正文里的这句话确实是你写的，但重复的内容只是期刊名这个公共信息。遇到这种情况，可以改成"正如某顶级心理学期刊的研究指出"，或者把期刊名放到脚注里，减少正文中的重复字符。

更隐蔽的问题是参考文献本身的重复。如果两篇论文引用了完全相同的十篇文献，即使正文内容不同，参考文献列表也会显示高度相似。不过大多数学校查重时会把参考文献整体剔除，这种重复通常不影响最终结果。但个别严格的导师或者期刊编辑可能会注意到引用高度重合，怀疑作者是不是在模仿他人的文献综述思路，这就属于学术品味层面的判断了，不是技术问题。

实际操作中，建议提交查重前用学校的模板彻底检查一遍参考文献格式。各个查重系统的识别规则略有差异，知网对GB/T 7714格式支持最好，有些国际系统比如Turnitin对中文文献的识别能力就弱一些。如果学校用知网，严格按照模板排版基本不会出问题；如果用多个系统查重，可能需要针对不同系统调整格式细节。