本科论文查重时，参考文献是否一起检测，得分情况来看，关键得看学校要求和查重系统的设置。

大多数学校在查重时，是不把参考文献算进重复率里的，因参考文献本来就是用来引用别人研究成果的，属于论文里的正常组成部分。只要你在论文里按照学校规定的格式，把参考文献部分写得清清楚楚，比如作者、年份、文献名称这些信息都写全了，格式规范，查重系统通常能自动识别出这部分是参考文献，就不会把它纳入重复率的计算。也就是说，参考文献部分就算和数据库里的内容一模一样，也不会影响你论文的查重率。

不过，这得建立在格式正确的基础上。如果你的参考文献格式没写对，比如作者名字写错了、年份没标、排版乱七八糟，查重系统可能就分不清这部分是引用还是正文，那就有可能把参考文献也当成正文内容来检测，结果参考文献部分的重复率就被算进去了，导致你论文整体的查重率虚高。

另外，查重系统本身也有影响。不同的查重系统对参考文献的识别能力不太一样，有的系统对格式要求特别严格，稍微有点偏差就可能识别不出来；有的系统则能更智能地分析，准确找出参考文献部分。所以，为了保险起见，你得严格按照学校要求的格式来写参考文献，这样查重时系统才能准确识别，不会把参考文献算进重复率里。