毕业论文查重时，参考文献是否需要一起提交，这得看学校的具体要求。

不同的学校、不同的查重系统，规定都不一样哈。有些学校明确要求，查重时必须包含参考文献，系统会自动识别并排除这部分内容。这种情况下，如果不提交参考文献，系统就无法准确判断哪些内容是引用，可能导致查重率虚高。

但也有一些学校或系统，要求提交的论文只包含正文部分，参考文献单独提交或不需要查重。这种情况下，如果提交了包含参考文献的文档，反而可能导致查重结果不准确，因为系统可能会把参考文献列表本身也计入重复率。

为了保险起见，建议先仔细阅读学校发布的查重通知，或者直接咨询导师，明确学校的具体要求。如果通知里没写清楚，最好选择包含参考文献进行查重，这样更接近学校实际的检测方式。

对于学生来说，可以先按学校的要求准备好文档，然后用正规的查重系统进行检测。如果系统能自动识别参考文献，那提交时包含参考文献会更准确。如果系统提示参考文献格式不正确，可能需要先调整格式，或者按照系统的指引进行操作。

论文参考文献是否需要一起提交，关键在于学校的规定。提前了解清楚，按要求操作，才能确保查重结果的准确性，避免因格式或内容问题影响最终的查重结果哈。