在论文查重时，引用文献有其特定的处理方式。一般来说，只要正确标注了引用文献，在查重系统中这部分内容通常不会被算入重复率。比如在文中使用上标数字序号标注引用的地方，像 [1][2] 等，然后在论文结尾处按照规定格式详细列出参考文献。

例如，引用了一篇名为《论文化传承》的文章，作者是张三，发表于某学术期刊 2020 年第 5 期，那么在参考文献里就要准确地写出作者姓名、文章题目、期刊名、年份、期数等信息。这样，当查重系统检测时，会识别出这是引用部分，而不会判定为抄袭。

但如果引用文献的标注格式错误，就可能出现问题。比如忘记标注引用序号，或者参考文献列表里的信息不完整、不准确，像作者名字写错、期刊名缩写错误等，查重系统可能就无法正确识别这是引用，从而把引用部分当作重复内容计算到重复率里。假设本来是合理引用了一段文字，但因为没有正确标注，查重时可能就显示这部分文字与其他文献重复，导致重复率升高。

还有一种情况，即使标注正确，如果引用文献的篇幅过长或者引用过度，也可能会被查重系统关注。虽然不会完全算入重复，但可能会被认为论文的原创性不足。例如，一篇论文大部分内容都是引用别人的观点和文字，只是简单地拼凑在一起，即便都标注了引用，也不符合一篇合格论文的要求。因为论文应该是在综合他人研究的基础上，有自己的思考、分析和见解，而不是单纯地依赖引用。所以在引用文献时，要适量合理，不能让引用部分占据论文的主导地位，要将引用与自己的论述有机结合起来，使论文既有扎实的理论依据，又有独特的个人观点和创新之处，这样在查重时才能顺利过关，也能体现出论文的学术价值。