随着网络技术的发展，研究生毕业论文查重问题日益受到关注。本文旨在探讨硕士论文查重过程中是否需要包括参考文献。首先，我将从两个方面进行讨论。第一，对于论文的查重，传统的方法主要是通过对论文的整体内容进行比对，排除抄袭行为。在这种情况下，并不直接涉及到参考文献的查重。因为传统的查重方法主要依靠对文字、句子甚至段落的比对，对于参考文献的引用并不直接纳入比对的范畴。因此，在这种情况下，论文查重不包括参考文献。

然而，随着自动化查重工具的使用越来越普遍，一些高级的查重系统也可以对参考文献进行比对。这些系统能够检测出文中引用的文献是否在其他论文中被重复引用，从而发现抄袭行为。在这种情况下，参考文献将成为查重过程的一部分，因为它们被视为论文内容的一部分。

综上所述，是否需要将参考文献纳入硕士论文的查重过程中取决于所采用的查重方法。传统的查重方法主要比对论文的文字内容，因此不包括参考文献。然而，现代化的查重系统可以对参考文献进行比对，将其视为论文内容的一部分。因此，在使用这些系统时，参考文献将成为查重过程的一部分。

需要注意的是，参考文献的引用应该符合学术规范，同时在论文中进行正确的标注。这可以避免被误认为是抄袭行为。因此，在准备硕士论文时，作者应该确保参考文献的引用准确无误，并通过参考文献的完整性来增加论文的可信度。

在今后的研究中，可以进一步探讨如何提高查重系统对参考文献的比对能力，从而更准确地发现抄袭行为。此外，还可以研究新的查重方法，既能包括参考文献，又能排除因参考文献的引用而引发的误判情况。

总的来说，硕士论文的查重过程是否包括参考文献取决于所采用的查重方法。传统的方法主要比对论文的文字内容，不包括参考文献。然而，现代化的查重系统可以对参考文献进行比对，将其视为论文内容的一部分。作者在准备硕士论文时应注意参考文献的引用准确无误，并通过完整的参考文献来增加论文的可信度。在今后的研究中，可以进一步探讨如何提高查重系统对参考文献的比对能力，以及研究新的查重方法，使其更准确地发现抄袭行为。