这个问题在实际写作中遇到的比较多，答案是毕业论文格式不规范确实有可能引起标红，不过具体的影响要看标红出现在哪个位置，不同位置的原因和处理方式是不太一样的。

先说文末的参考文献列表本身。大多数检测系统对参考文献部分有一定的识别机制，格式规范的情况下，这一部分通常会被单独识别出来，不计入正文重复率，或者单列统计。但问题在于系统的识别是靠格式特征来判断的，如果参考文献的著录格式存在比较明显的错误，比如标点符号缺失、序号混乱、字段顺序不对，系统就有可能认不出这是一条参考文献，把它当成普通正文来比对。一旦识别失败，这段文字恰恰又和库里大量论文的参考文献高度相似，标红的概率就相当大了。不少同学遇到过这种情况，正文改得很干净，最后标红的反而集中在参考文献列表上，原因往往就在这里。

再说正文当中的引用标注。如果引用了别人的观点却没有按照规范做好标注，或者标注的位置和格式不符合学校要求的体例，系统没有办法识别出这是引用，就会把这段内容当成普通的重复文字来处理，这种情况下标红是理所当然的，而且单纯的格式修改解决不了问题，需要在表述上下功夫或者补全规范的引注。引用格式写得规范之后，有些系统会把这部分识别为引用内容，在报告里用不同颜色区分开，不计入或者少计入总重复率，当然具体口径还是要以学校的规定为准。

不过有一点需要说明的是，参考文献格式错误带来的标红，和内容重复带来的标红在性质上是两回事。前者属于识别问题，把格式改规范了，重新检测通常就能恢复正常，而后者属于实质性的表述重复，需要真正动手改写。所以拿到查重报告之后，不妨先看一看标红部分的具体内容，判断清楚是哪种情况，再有针对性地处理，不必一看到参考文献附近标红就慌了神。

实际操作上比较稳妥的做法是，按照学校要求的著录规范逐条核对参考文献，包括标点、序号、作者、年份这些细节，格式上宁严勿松。检测之前如果拿不准学校用的是哪个系统、对参考文献怎么处理，可以先向学长学姐或者教务老师打听清楚，做到心里有数，避免在格式这种本可以轻松避免的问题上浪费检测次数。