毕业论文查重的参考依据主要是数据库里的文献资源和采用的查重算法，这两者共同决定了查重系统如何判断论文的重复情况。

数据库是查重的基础，它包含了各种各样的文献资料。像学术期刊论文、学位论文、会议论文、报纸文章、网络内容等，都会被收录到查重系统的数据库中。

不同查重系统的数据库覆盖范围有差别，像知网、维普这类权威查重系统，数据库非常庞大，涵盖了国内大量学术文献，能检测出论文和已有学术成果的重复情况。而一些免费查重工具，数据库相对小一些，可能主要收录网络内容和部分常见学术资料，检测范围没那么全面。

查重算法是判断重复的核心。它通过对比论文和数据库里的文献，分析文字的相似度。查重算法会考虑文字的连续重复、语义相似等情况。有的算法比较严格，能检测出文字表述稍作修改但意思相近的重复；有的算法相对宽松，只对完全相同的文字或者连续重复较多的内容进行标记。先进的查重算法还能识别表格、公式、代码等特殊内容的重复。

除了数据库和算法，查重系统还会根据学校或期刊的要求设置查重规则。不同学校、不同学科对重复率的标准不一样，有的要求严格，重复率可能要控制在10％以内，有的要求相对宽松，允许20％左右的重复率。

所以，论文查重的参考依据是多方面的，数据库、算法和规则共同作用，来确定论文的重复率和原创性。