课程论文查重不通过肯定会影响成绩，具体影响多大，得看你们学校和这门课的具体要求，但几乎没有哪个老师会对查重不过的论文视而不见。

大多数课程里，论文成绩占期末总分的比例不低，有的能到 30% 甚至 50%，查重作为论文评审的第一道关，过不了的话，后面内容写得再好也没用。老师拿到查重报告，一看重复率超过规定的 20% 或 30%，第一反应就是这篇论文有抄袭嫌疑，哪怕你是自己写的，只是引用太多没改好，也会先打个低分，毕竟学术规范是基本要求。

有的老师会直接把查重不过的论文打回，让你限期修改，改完重新查重，合格了再给分，但这种情况往往会扣分，比如原本能得 80 分，因为查重问题可能就降到 70 分。要是修改后还是没过，或者超过了修改期限，大概率就是不及格，这门课的期末成绩自然就受影响，严重的可能得补考甚至重修。

还有些严格的专业或老师，对查重要求特别严，比如重复率超过 15% 就判定为 “学术不端”，直接给论文打零分，哪怕你其他作业做得再好，期末总分也可能不够及格线。这种时候想补救都难，只能眼睁睁看着成绩受影响。

不过也有少数情况影响会小一点，比如有的课程把论文当作平时作业，查重不过的话，老师可能让你重写，不扣分但会批评几句，提醒你注意规范。但这种情况很少，尤其是现在学校对学术诚信抓得紧，课程论文虽然不如毕业论文严格，却也是培养学术规范的一部分，老师不会轻易放过查重问题。

其实想避免影响成绩也简单，写论文的时候别偷懒大段抄别人的，引用的地方用自己的话改改，写完先自己用免费查重工具查一遍，重复率高的地方针对性改改，确保低于学校规定的线再提交。