论文查重时参考文献部分会不会算重复，这事儿还真没个准数，得看具体情况。首先得搞清楚你学校用的是啥查重系统，不同系统规则差别不小。

像知网这种用得比较多的查重系统，要是你的参考文献格式完全符合规范，按照学校要求标注好了，那查重时大概率是会自动识别并排除的，不会算进重复率里。比如说引用期刊文章，卷号、期号、页码都标得清清楚楚，引用书籍时作者、出版社、出版年份一个不落，系统就能精准区分这是参考文献，不会把它当成重复内容。

但要是格式不对，那可就麻烦了。有些同学引用文献时偷懒，没按标准格式写，或者标点符号用错，系统识别不出来，就会把参考文献当成正文内容查重，结果重复率一下子就上去了。还有些查重系统本身算法没那么智能，不管你格式对不对，直接 “一刀切” 把参考文献全算进去查重，碰上这种情况，只能自认倒霉，想办法把重复部分降下来。

另外就算系统能识别参考文献，也别大段大段地引用。引用内容太多，就算不算重复，也会显得你论文原创性不足。一般来说，引用部分控制在合理比例内就行，重点还是要用自己的话去分析、阐述观点。

所以写论文时，参考文献格式一定要重视，提前了解学校用的查重系统规则，按照要求规范标注。查重结果出来后，如果发现参考文献部分被算重复了，先检查格式问题，实在不行就找导师问问，看看有没有补救办法。