在论文查重的过程中，引用部分的处理方式往往取决于所使用的查重系统及其具体设置，但一般来说，大多数现代查重系统会区分直接引用与原创内容，对它们采取不同的处理方式。
论文查重，简而言之，就是通过特定的技术手段，检查论文中是否存在与其他文献相似或重复的内容，以此来评估论文的原创性和学术诚信。对于引用部分，系统通常会进行识别，并尝试从总相似度中排除合理的引用内容，因为这些引用是学术研究中必要的，用于支持作者的观点或论证，并非作者的原创成果。
然而，值得注意的是，并非所有引用都能被查重系统完美识别并排除。这主要取决于几个因素：一是引用格式是否规范，符合查重系统的识别标准；二是查重系统的技术水平和数据库范围，有些系统可能无法识别非标准格式或来自小众出版物的引用；三是引用的内容量，如果引用过多，即便系统能识别，也可能因占比过高而影响整体相似度评估。
为了确保论文查重时引用部分得到正确处理，作者应当遵循所在学术领域的引用规范，准确标注引用来源，并适当控制引用比例。此外，了解并熟悉所使用的查重系统的具体规则和限制也是非常重要的。
